Danske Mejeriers Mælkeudvalg er bemyndiget af Direktoratet for FødevareErhverv til at administrere kvoteordningen. Det er til Mælkeudvalget, at der skal ansøges om eksempelvis overdragelse af kvote, førstegangstildeling af kvote til nystartede producenter samt køb og salg af kvote på kvotebørsen. Alle bedrifter med mælkekvoter er registreret i Mælkeudvalget. Mælkeudvalget opkøber mælken fra producenterne. Herefter sælges mælken til mejerierne. Mælkeudvalget betaler producenten en basispris for mælken, men udbetalingen foretages af mejeriet. Eventuel efterbetaling, markedstillæg mv., fastsat af de enkelte mejerier, er alene en sag mellem mejeriet og producenten.

Alle mælkeproducerende landmænd er tildelt en individuel mælkekvote, som svarer til den kvote, der var til rådighed på bedriften den 31. marts 2003, tillagt eventuelle individuelle tildelinger og justeret for køb og salg af mælkekvoter.

Nogle producenter overskrider deres kvote, mens andre producenter ikke udnytter deres kvote fuldt ud. Den ikke-udnyttede såkaldte frimængde fordeles af Mælkeudvalget mellem de landmænd, der har overskredet deres kvote.

Mælkeudvalget betaler tillægsafgiften (superafgiften) til Direktoratet for FødevareErhverv, som sender afgiften videre til EU. Producenter, der er blevet afgiftspligtige, får modregnet tillægsafgiften i mælkeafregningen.

Tildeling, køb, salg og overdragelse af mælkekvoter sker efter bekendtgørelse nr. 203 af 26. marts 2008, som senest ændret ved bekendtgørelse nr. .

Køb og salg af mælkekvoter, som ikke handles sammen med den faste ejendom, sker via Mælkekvotebørsen. Der kan handles på Mælkekvotebørsen 4  gange årligt.

Se vedrørende køb og salg af mælkekvoter sammen med den faste ejendom C.H.2.1.9.11. Med hensyn til fordelingen af købesummen på grunden og de afskrivningsberettigede bygninger henvises til afsnit E.C.4.3.

MomsDen momsmæssige behandling af mælkekvoter fremgår af JV D.A.4.1.4.

Gaveover-
dragelse
Værdien af en mælkekvote kunne ved en gaveoverdragelse af en landbrugsejendom ikke ansættes til den af parterne aftalte pris, men skulle ansættes med udgangspunkt i den på overdragelsestidspunktet senest offentliggjorte ligevægtspris pr. kg. mælk på mælkekvotebørsen med fradrag af den latente superafgift, som mælkekvoten var behæftet med jf. boafgiftslovens § 27, stk. 1. Se SKM2002.133.LSR.

En mælkekvote kan kun sælges fra en landbrugsejendom, der er bortforpagtet, hvis bortforpagteren skriftligt godkender afståelsen af mælkekvoten. Dispositionsretten over mælkekvoten i forpagtningsforhold beror hos bortforpagteren. Afstås en mælkekvote derfor i forpagtningsforhold, er der afregningsmæssigt tale om et forhold mellem Mælkeudvalget og bortforpagteren, idet beløbet tilfalder denne. Afståelsen får derfor ingen skattemæssige konsekvenser for forpagteren, heller ikke i de tilfælde, hvor forpagteren af praktiske grunde er inddraget i ophørssituationen.

Udlejning/bortforpagtning af mælkekvoter er momspligtig, uanset at bortforpagtning sker sammen med jorden, jf. SKM2002.71.TSS og

AL § 40 CVed bekendtgørelse nr. 589 af 12. juni 2006 blev det bestemt, at AL § 40 C, som indsat ved § 1, nr. 2, i lov nr. 1386 af 20. december 2004, og som ændret ved lov nr. 426 af 6. juni 2005, trådte i kraft den 15. juni 2006.

Bestemmelserne i AL § 40 C har virkning fra og med 1. januar 2005.

I AL § 40 C fastsættes der en særlig ordning for mælkekvoter, der erhverves den 1. januar 2005 eller senere. AL § 40 C omfatter også mælkekvoter, der er erhvervet eller tildelt den 19. maj 1993 eller senere, og som afstås på et tidspunkt, hvor den skattepligtige ikke ejer en landbrugs- eller skovejendom.

Med hensyn til den skattemæssige behandling af mælkekvoter efter AL § 40 C henvises til E.C.5.4 og E.C.5.4.3.

AL § 40 C omfatter ikke salg af mælkekvoter erhvervet før 1. januar 2005, når disse sælges før eller sammen med en landbrugs- eller skovbrugsejendom. Den skattemæssige behandling af disse kvoter er beskrevet under JV C.H.2.1.9.11.

LL § 7 YVærdien af mælkekvoter, der tildeles vederlagsfrit den 1. januar 2005 eller senere, er omfattet af skattefriheden efter LL § 7 Y, stk. 1. Den skattemæssige behandling af disse vederlagsfrit tildelte mælkekvoter er beskrevet i E.C.5.4.3.

Den skattemæssige behandling ved salg af mælkekvoter erhvervet før 1. januar 2005, som sælges før eller sammen med en landbrugs- eller skovbrugsejendom, fremgår af JV C.H.2.1.9.11.